As especialidades de Alergologia e Imunologia se dedicam ao estudo, diagnóstico e tratamento das patologias que afetam o sistema imunológico. Entre elas estão as doenças alérgicas, caracterizadas por uma resposta exacerbada do organismo a diferentes agentes, como alimentos, medicamentos, substâncias químicas, entre outros. São exemplos dessas enfermidades a Asma, a Rinite, a Dermatite Atópica e as Anafilaxias. Sabe–se que a prevalência das alergias está aumentando em todo o mundo e estima–se que em 2050, cerca de 4 bilhões de pessoas apresentarão alguma forma dessas patologias. O Hospital Nove de Julho possui ainda o Ambulatório de Doenças Raras.