Para manter seu padrão de excelência, o Hospital 9 de Julho desenvolve Protocolos Assistenciais para pacientes com suspeita ou confirmação de Dor Torácica, Acidente Vascular Cerebral, Sepse e Profilaxia de Tromboembolismo Venoso, garantindo as boas práticas por parte de toda equipe. Esses protocolos institucionais têm como objetivo disponibilizar aos colaboradores as diretrizes clínicas do tratamento das doenças mais frequentes ou mais graves, além de adaptar essas normas à rotina diária de atendimento, visando a qualidade, eficiência e segurança.
Mensalmente, os indicadores do programa são compilados, divulgados e discutidos com as equipes envolvidas para garantir e estimular uma melhoria contínua da assistência prestada. Desde 2006 o Hospital 9 de Julho faz parte do grupo de melhores práticas assistenciais da ANAHP (Associação Nacional de Hospitais Privados) que é uma entidade civil, sem fins lucrativos, e de âmbito nacional, representativa dos principais hospitais privados de excelência do país, com o objetivo de Incentivar, apoiar e disseminar o uso das melhores práticas nos hospitais membros.